PS2 合金装备3剧情攻略
二战结束后，世界分成了2个部分---东方与西方，标志着冷战的开始。
苏联成功的发射了第一颗卫星，而作为其导弹核心技术的掌管者正是一名叫Sokolov的科学家。他本人对于自己所发明的武器所给人类带来的危害而感到日渐良心不安，于是离开了苏联而逃到柏林墙以西寻求庇护。
两年后爆发举世震惊的古巴导弹危机，苏联答应从古巴撤走核导弹，其真正交易条件是要求西方国家归还Sokolov。（只有拥有Sokolov就等于拥有了最先进的武器技术）
Sokolov从医院被人强行带回苏联，妻离子散，他暗中发出请求美国能够救回他。
根据线人提供的情报，Sokolov被关押在苏联边境丛林中的一个废旧研究基地。
一名叫做Jack的美国士兵，被授予单独执行这次营救行动，codename为"Snake"，空降地点是"处女崖"，行动代号为"贞结行动"。时间限制是4小时。负责提供信息帮助的是上司---Tom上校，女医疗保健人员--Paramedic，另一个是一位特别的女性，传授Snake一切格斗术和枪术的老师----The boss。
The boss告诉Snake自己现在正在执行一项最高机密任务，所以现在并不和他们在一起，只是通过无线电给予信息帮助。
Paramedic告诉Snake自己并不是害怕丢掉自己的医学学位才参与这次行动的，真正的原因是她对Snake很仰慕，所以特地来关注他。
Paramedic开始对Snake讲解丛林生存的一切要领，包括如何取食和非常详尽的生物讲解，Snake耐心的听完后，上校无意间透露Paramedic曾经有个"Quack"的绰号，意思大约就是象鸭子那样话匣子打开就关不上。对此Paramedic感到又气恼又尴尬。
Snake穿过从林，沼泽，终于在废基地找到了科学家Sokolov。这时Snake联系The boss时，发现对方没有应答，Tom上校也表示他们也和她失去了联系，可能是暂时信号不好的原因。
Sokolov告诉Snake关押他的人正式目前苏联机构KGB，直属与苏联最高领导人赫鲁晓夫。而和KGB作对的机构GRU，则是最近苏联崛起的另一派力量，领头人是一名可以随意操纵雷电的人----Volgen。Volgen 最近正在招募力量，意图夺取政权，所以肯定也不会放过他的，请求Snake赶快把他救回美国。
两人刚从屋里出来，就被一群KGB守卫士兵包围，这时候GRU机构的上校Ocelot登场了。上头派他来的目的正是抢夺Sokolov，于是一场黑吃黑的大戏上演了。在解决了KGB士兵后，Ocelot对自己的对手不是预想中的The boss感到略有失望，但令他没想到的是，Snake使用CQC技术瞬间就制服了他，在晕过去之前，他略感欣慰的是Snake承认他刚才耍枪那几下子确实漂亮。
Snake带着Sokolov返回途中，Sokolov告诉Snake自己正在被迫开发一种新型合金装备--SHAGOHOD 最大优势就是搭载核发射装置，射程最远达6000里，由此可以打向美国任何一个地方，而且由于其隐蔽性和机动性还不会被雷达系统发现，一旦发明成功后果不堪设想。而目前第一阶段实验已经完成。
返回吊桥的途中，Snake惊讶地遇见了自己的老师The boss，The boss告诉Snake她已经投靠了苏联，投靠了Volgen，这样就可以和自己曾经的战友眼睛蛇部队又在一起了。而给新东家的见面礼就是Sokolov和两枚小型核导弹。
Volgen询问The boss为何不也带上Snake一起投奔过来，The boss说Snake还太嫩，不配做为眼睛蛇部队的一员。因为Snake已经看到了Volgen的脸，Volgen打算不留活口下杀手的时候，The boss制止了他，要求由她来动手。两人交手中The boss打折了Snake的手臂，接着把他摔下了吊桥。跌进了河谷。
在直升机上Volgen得意洋洋羞辱了一番他们捉到的Sokolov的情人---Tantyala，接着拿起自己新到手的小型核导弹，打算用它来摧毁那个废旧研究基地。Ocelot在一旁极力劝阻，尽管和他们是敌对势力，但毕竟大家是民族同胞。Volgen轻蔑的说这就是战争，接着发射了导弹，整个基地化为了灰烬。
Snake顺着河流漂到了岸上，亲眼目睹了核弹的威力。接着救生伞装置到达，Snake被营救。
赫鲁晓夫给美国总统打电话，表示自己的基地被一枚美国核导弹摧毁，而且雷达系统探测到当时侵入苏联边境正是一架美国飞机（Snake他们乘坐的那架），要求美国方面给一个说法，美国总统表示他们政府完全不知道此事，那完全是叛变的The boss个人行动，因为她投敌的时候偷运走了两枚核导弹。赫鲁晓夫对此表示怀疑，威胁美国方面要在一周以内证明清白。否则不惜发动核战争还以颜色。
一周后，Snake出院了。Tom上校来探望他，给他带来了一个新的任务。是美国最高方面秘密指示的，代号"食蛇者行动"。目的一是再次营救Sokolov，二是摧毁合金装备SHAGOHOD，三是消灭The boss，证明美国政府的清白。为了抓住振兴Fox的机会，为了自己不上军事法庭接受审判，Snake再次接受任务。
Snake乘坐SR-17再次空降到了故地。时间是夜晚。这次负责提供信息帮助的依然是Tom上校和Paramedic，不同的是多了一名武器专家---Mr.Sigint。他将提供武器方面的信息。他自豪地说Snake使用的不少装备，包括动态探测仪是他的发明。
Paramedic告诉Snake，她曾在Snake住院期间看望过他，不过Snake当时处于昏迷状态，浑身被绷带裹着象个木乃伊，所以只能远远的"看望"。
Tom上校告诉Snake，虽然这次是政府秘密指示行动，但是为了证明政府的清白，所以他们仍然不提供任何正面官方的帮助，而唯一提供的帮助就是到了目的地后，会有一名代号"ADAM"的特工负责和他接头。ADAM是美国两年前就派到GRU的两个卧底之一，他应该知道Sokolov目前的所处地点。接头暗号是Snake询问"爱国者是谁？"，回答暗号"La-Li-Lu-Le-Lo"。
Snake刚刚开始行动，意外地再次遇见了The boss，The boss叫Snake现在放弃任务回去还来得及，不要再有什么企图。Snake质问她为什么叛变，The boss说她并没有叛变，并且自己一直效忠于自己的任务，或许Snake现在不能接受，将来总有一天会理解的。接着The boss打坏了Snake的枪，故意制造火势引来敌兵，接着扬长而去。
Snake借助夜幕的掩护，成功的到达了指定的接头地点，这时一名骑着摩托车的女性登场，看来是接头的间谍ADAM了，在Snake询问暗号以后，这名女性却迟迟答不上来，正当Snake起疑的时候，周围突然出现了几名GRU士兵。Snake突然意识到这是一个圈套，而令意外的是这名女性却几枪漂亮地干掉了那几名士兵。解救了Snake。
女性告诉Snake，她名叫"Eva"（夏娃），和ADAM一样，正是派往GRU的那两名间谍之一。这次改由她来和Snake接头。Snake询问变故的原因，Eva得意得说想在Volgen身边做卧底，女人可比男人有利得多。
Eva告诉Snake，"圣经"上说正是蛇引诱了伊甸园的夏娃，那么他这条蛇是不是来引诱她的？她可以为Snake做一点特别的"服务"----她来放哨，Snake应该象个乖孩子一样睡一会。Snake犹豫该不该相信她的时候，Paramedic来电告诉他应该听话，小睡一会儿养足精神，现在离天亮还有一会。并告诉这是医生的命令。
Snake睡了，窗外的Eva则悄悄地打开了无线电联络系统，好象在和谁联系着了什么。
清晨，Snake醒来，却以外的发现OCELOT带着几名士兵前来，包围了他们所处的屋子，情况紧急，Eva自告奋勇地负责引开OCELOT，Snake则负责干掉他的手下。Snake嘱咐她要小心，Eva表示没问题。
Snake干掉士兵后，OCELOT却挟持着Eva登场了，毕竟她不是OCELOT的对手。而正当OCELOT朝Snake开枪的时候，却发现枪里没有了子弹，原来，他现在换用左轮枪后，忘记了左轮一次只装填6发子弹。这个致命的失误令他顿时失去了优势，接着Eva和Snake轻松的制服了他，在他逃走的时候，Eva正准备从背后射杀，但被Snake阻止，理由是"他还年轻"
时候不早了，Eva急着赶回GRU那边，以免他们起疑，于是先走一步。Snake听从她的指示，要到达Sokolov的关押地点，路还有很远，笔直向北走就可以了。
路上Paramedic向Snake讲解各种可以猎取的生物，并问Snake有没有看过电影"怪物哥斯拉"，Snake说没有，Paramedic告诉Snake那是一部反核战斗的影片，哥斯拉正是核弹爆发所诞生的怪物，最后它几乎把整个日本的东京给摧毁了。所以得出结论Snake这次行动一定要成功，不然核战斗爆发后果实在太可怕。Snake答应了。接着Paramedic告诉Snake如果他能再活50年，肯定可以在美国看到这部经典的片子，理由是2004年是哥斯拉50周年诞生记念日，肯定会有些庆祝活动的。
穿过池塘，丛林，敌兵仓库，Snake再次遇见了OCELOT，这次OCELOT叫手下全部退开，自己要和Snake一对一，报自己两次受辱之仇，并说自己这次吸取了教训，带来2支左轮枪，这样一次就有12发子弹了。
Snake再次打败了OCELOT，这时突然从天而降一大群马蜂，OCELOT等人四处作鸟兽散，Snake也被蛰得苦不堪言，慌忙中掉进了一个黑漆漆的洞穴。
在洞穴里，Snake找来火把，并和Eva联系，Eva告诉他洞穴正是他的必经之路，只要顺着洞穴往前走，就可以出来了。
Snake用火把驱赶着洞穴里的蝙蝠，艰难的前行。这时Paramedic来电开始讲解蝙蝠这种生物，被Snake赶快制止了，理由是她肯定会由蝙蝠扯到那些吸血鬼的电影，Paramedic表示她不会的，但是三句不离本行，最终饶着弯子还是回到了"Dracula"这部电影，发觉说漏嘴后赶快道歉，这时她意外的发现Snake原来有些忌讳吸血鬼的，在数次追问后，Snake都坚决否认自己害怕吸血鬼，但是Paramedic从他的语气中更是坚信了这一点，于是感到了一点快意，总算还了一次"颜色"。
Snake快要到达洞穴的出口，却遇见了眼镜蛇部队成员之一--"the pain"，原来刚才那一群马蜂就是他操纵的，接着一场战斗开始了，Snake没费多少工夫就打败了他。
Snake走出了洞穴，穿过了一片水洼，到达了一处基地设施，终于发现了Sokolov，但此时Volgen等一干人正在一旁，Volgen用电折磨了一番Sokolov的情人Tantyala后，The boss来了，告诉Volgen赶快加紧这里的守卫强度，因为她刚刚得到消息，自己的部下The pain已经被Snake干掉了，Volgen闻言愤怒之下打烂了墙壁。接着押着Sokolov赶快转移了。
Paramedic来电又同Snake聊起了电影，Snake奇怪为什么她会单人一人看这些女孩本来不怎么敢看的片子，Paramedic说是别人邀请她看的，并承认这是一个约会，那个男孩恳求她等他的伤好了就陪他一起看那部片子，Snake询问那个男孩现在怎么样了，Paramedic回答说他已经不幸死了，之后两人都陷入了沉默。
Eva来电告诉Snake，离这里不远有一处研究楼，他们应该会把Sokolov转移到那里去的，接着向北走就可以到达。
Snake突破了基地设施，继续向前走，接着又是一片丛林，这里有很多毒蛇出没，陷阱密布。只有步步小心。为了给Snake解闷，Paramedic开始给他讲解各种蛇类小知识，突然她意识到自己在形容蛇的时候居然用上了"可爱"这个词汇，连她自己都不相信，Snake问她怎么了，Paramedic说一个正常的女性见到蛇应该大声尖叫和恐惧才对，怎么自己居然这么不正常的用上了那个形容词，Snake故意反问说难道你始终认为你是一个"正常"的女性吗？
终于到达了Eva所说的研究楼，这里Snake 装扮成一名研究员成功的找到了Sokolov所在的房间，但令他意外的是，找到的不是Sokolov，而是另一名军事武器科学家 Glanin，Glanin说自己曾经也是为GRU提供军事武器开发，不过当权者最后放弃了他的策划，而选择了Sokolov，就因为该死的Sokolov，他失去了当权者的资金投资，自己一切研究计划都泡了汤。而本来他要进行的是一项伟大的研究---这其中最绝的创意要是要让自己设计的武器有自己的"双腿"，这样就可以象人一样无视任何障碍具有超强的机动力了。在他的草图中，Snake看到了未来的"合金装备"的影子。 Glanin说他自己这辈子都从事武器研究，但是最后当局者却不顾他的反对试图在他的武器装置中加入核能量发射装置，因此他最终发现科学家只不过是被利用的政治工具而已，他所发明的这些东西丝毫不能造福人类，只有带来战争和不幸，他厌倦了这种生活，但也无可奈何，只有每天在那里借酒浇愁。
Snake告诉他现在就要去找Sokolov了，而且他也不容许SHAGOHOD这种危害人类的武器存在，作为帮助，Glanin给了他一把可以打开基地设施曾经锁着的一扇门的钥匙----理由是Snake夸了他的鞋子很漂亮。
返回基地设施的从林途中，Snake遇见了眼镜蛇部队成员之二----The fear。经过一番苦战，Snake打败了这个会隐身的棘手家伙。
Snake的"旅途"中，Paramedic又来跟他讲话解闷了，这次他们谈到的是OCELOT这个人，Paramedic说OCELOT是美国边境地带一种野生的山猫的名字，她对一个俄罗斯人却取着美国的一种豹猫代号感到不解，Snake猜测可能他的本意就是形容他的动作象猫一样敏捷。
武器专家Sigint来电询问Snake关于Eva使用的左轮手枪的事，根据他的了解，那种枪是基于中国制造的"毛瑟"而改良而来， 使用方法比较特别，令他不解的是为什么一个西方女人会那么熟练地使用中国制造的武器。
Snake返回基地设施，利用Glanin给他的钥匙打开了一扇锁着的门，继续前进的时候，Eva来电了，要他小心，因为前方有一名眼镜蛇部分成员The end在等着他。那是一名狙击手，为了等待目标可以在同一个地方保持一动不动，耐力惊人。将是一场艰苦的持久战。Snake表示自己年轻，拼耐力肯定获胜，Eva警告他不可大意，The end是白天狙击技术的创始人，The boss的狙击技术都是他传授的，而且他还拥有不可思议的自然力，可以采集"大地之灵气"来补充体力。所以还是要小心为上。
Snake遭遇了The end，经过一番拼毅力的斗争，终于击败了他。此时Eva来电，告诉Snake，穿过这片丛林，可以到达一个隧道，然后，从隧道的梯子开始登山，她在山顶和他再接头。
在路上，Snake询问Eva此时这段时间她在干吗，Eva却反问Snake你想我此刻正在做什么，Snake说就是因为不知道所以才问你现在在干吗，EVa再次反问Snake为什么想知道我现在在干吗，Snake有点生气了，叫EVa能不能不反问他的提问，Eva却惊讶得问Snake是不是疯了干吗发火，Snake悻悻得关掉了无线电。
到达隧道，爬上梯子，躲过敌兵的监视，Snake成功的到达了山顶和Eva接头的小屋。
Snake到达的时候，Eva正在换衣服，Snake惊讶的见到她满身都是伤痕，Eva说这是Volgen虐待的结果，他就是这么一个**狂。Snake这时指着一条芭痕询问由来，说这条伤痕跟别的不一样，它明显要早得多，EVa轻描淡写的敷衍了几句，并责怪Snake不敢问这么多，因为"一个女孩应该有她自己的一点隐私"。
Eva询问Snake有没有爱人，Snake说自己对别人的生活不感兴趣，Eva说Snake却对The boss怀有独特的感情，应该是爱上她了。Snake却说那并不是爱，而是一种特别的情感，象爱人又向恩师，自己的一半是属于The boss的，Eva表示自己实在不能理解一个男人跟一个女人之间除了爱或者恨以外还有第三种感情。
远处一声轰鸣打算两人的谈话，二人来到外头，Snake终于从山顶俯瞰到了GRU的整个军事研究，实在是庞大无比，存放着无数的武器弹药，当然还包括那可怕的SHAGOHOD。 Eva表示时间不多了，自己又要赶回GRU那边，于是驾驶着摩托飞越山涧驶向了基地。
Snake从望远镜仔细的观察整个基地，这时他居然看见了Volgen，原来Volgen已经知道他们中间有间谍了，他怀疑是 Glanin，于是把他塞进油桶里用电严刑拷问，年迈的Glanin，经不了几下就晕死了过去，Volgen从他鞋跟下找到一个秘密无线电接收装置，说这就是间谍的证据。这时候tantyala悄悄的走了过来， OCELOT质问她刚才跑哪去了，皮靴都弄破了，这时候Snake从望远镜里注意到原来tantyala就是Eva，因为刚才他见到Eva换衣服时穿的正是那双有点磨破的皮靴。OCELOT围着tantyala转了几圈，说他好象在哪里曾经闻过这股香水味。怀疑她才是真正的间谍。
正当tantyala战战兢兢的时候，The boss来了，告诉Volgen她的眼镜蛇部队已经死了3个，全是Snake干的，而且她预感Snake马上就会来到这里，叫上校把这里的警戒再加强一些。对于手下的死Volgen愤怒得无以复加，咆哮着Snake的真正目的肯定是来抢夺保存在他这里的晶片--"哲人计划"（抱歉这个我实在无法准确理会）。此语一出，The boss， OCELOT，tantyala都把目光集中到了这块晶片上，原来20世纪初，苏联，美国和中国这三个国家的实权派有一个秘密集会，为了控制整个世界，世界各地都有他们所安排的"哲人"，也就是他们四处安排的精英部队。这个晶片里包含了无数的军事机密，只要拥有了它，就等于拥有无穷的军事力量，经过了几十年的变迁，秘密组织的最初成员都已物是人非，而他的父亲恰巧是哲人之一，因此他才得知这个秘密，而目前凭借着他的财富和目前掌握着的军权，加上这块晶片，只要SHAGOHOD完成，就没人是他的对手！所以这块晶片无论如何都绝对不能让别人从他这里夺走！
Snake从山道下山，拿着Eva给他的一个钥匙，打开一扇门开始前往GRU的军事总基地。这时Paramedic来电聊起了刚才Eva送给Snake那两袋日本产的方便面的话题。她告诉Snake那种方便面富有多种营养，而且保存期长，方便食用。并问Snake会不会吃，Snake说既然你都说它们这么好我当然要自己吃了，干吗问这个，Paramedic支吾着回答说如果你不吃，就带回来留给我。Snake突然意识到Paramedic好象对日本了解得很多，他的印象就只停留在日本的女人好象很苗条的样子，Paramedic骄傲得说日本是一个很不错的国家，她很喜欢。
在途中，Snake终于遇见了眼镜蛇部队另一人----带有喷火装置的The fury。再次经过苦战胜利后，The fury 喃喃的说"The boss。现在就只剩你一人了，我现在就要去了，要和Sorrow在一起了。"接着自爆身亡。
Snake到达军事基地，这里戒备很严，Eva告诉他Sokolov被藏在西栋，而想进入西栋，必须经过东栋，那里只有高级军官才能进入，所以Snake必须化装成他们自己人才行，这时候她告诉Snake可以化装成一个叫做 "Raikov" 上校的家伙，那家伙身分很高，可以自由进出那边
Snake成功的打晕了Raikov，剥走他的衣服，戴上面具。化装成了他的样子。Eva来电表示赞许，说伪装简直象得连他妈都分辨不出，而且Snake可以为所欲为，Snake询问当面揍那些家伙的脸可以吗？Eva说可以，因为那个家伙本来就是一副爱随便打人的德性。
Snake顺利得来到了关押Sokolov的房间，意外的发现Eva也在这里，而且从Sokolov手中拿走了一个资料磁盘。躲开Eva以后，Snake见到了Sokolov，Sokolov却说Snake来得太晚了，SHAGOHOD第二阶段也已经彻底完成，而且他已经没有利用价值了，随时可能被杀掉灭口，Volgen大佐的野心已经没人能阻挡了。Snake却说现在还来得及，成品就一台，趁SHAGOHOD还没量产前赶快摧毁它，接着炸毁整个基地，还可以挽回局势。
此时Volgen突然进来了，原来他是双性恋，他的男情人正是Snake化装的Raikov！一切都逃不过他的眼睛，但他没想到Snake的CQC威力巨大，一下居然将他摔倒在地，但是这时The boss又来了，面对自己的老师，Snake再次败北，被制服后，Volgen狠狠地把Snake打晕了过去。
Snake醒来发现自己被吊了起来，一顿痛打拷问之后，Snake从身上掉出了无线电定位系统晶片，Volgen拾起来询问这是哪来的，众人面面相觑。危急关头The boss承认这是她偷偷安在Snake身上的，这样她才能暗中掌握Snake的行动路线。Volgen要The boss亲手挖掉Snake的一只眼睛。正当The boss下手的时候，Eva抱住了她，恳求她不要下手。OCELOT此时发话了，说他终于明白了，Eva就是真正的间谍，因为她处处袒护Snake，还有那股熟悉的气味。他以前想不起来，现在想起来了那不是香水而是汽油的味道，这么说来她就是自己曾经遇见的骑摩托的女性了。Eva极力否认的时候，OCELOT决定要用左轮枪的"Russianshow"（一种类似于俄罗斯圆盘的赌命方式）来裁决她是不是清白的，危机时刻Snake瞅准了装有子弹的那只真枪，用头撞向OCELOT，而那颗子弹偏离方向刚好射向了Snake的脸，打瞎了Snake的右眼。Eva失声痛哭，The boss则顺势打了OCELOT一个耳光，这场拷问总算结束了。
The boss临走将一课装有假死药的子弹射进了Snake的腿，并悄悄地叫Snake自己逃掉。
Snake在牢房里给Paramedic通信，叫她讲点什么好分散疼痛的注意力，于是Paramedic给Snake讲起了一部电影，讲述的是一名囚犯被关进了集中营，但他没有始终没有放弃越狱的念头，因为他的战友答应必定会来救他的，在他被关押的日子，为了尽一切力量存活下去，为了生存他什么都吃，最后几年过去了，在他自己都已感觉不出自己到底是人还是鬼的时候，终于等到了战友的救助，但是他的战友们却发现在他们面前的是。Snake有气无力得打断说是吸血鬼。Paramedic惊叹Snake原来这么聪明。居然猜到了，Snake实在无话可说。
Snake作了一个噩梦，梦见自己变成了一个怪人，手上拿着两把钩子，在一个封闭的场所和一大群妖怪搏斗，打着打着自己还可以变身成更离谱的形象，居然象动物一样，可以在地上飞快的爬来爬去。
梦终于醒了，Snake再次联系Paramedic，告诉她自己做的这个奇怪的梦，Paramedic说可能是因为四周禁锢的环境让人产生压抑的感觉，因此有了那个怪梦。Snake却埋怨说是因为Paramedic讲的那个电影，害得他做了噩梦。Paramedic感到很内疚，向他道歉。并提醒Snake这可能是因为他真实的自我被压抑得太久，导致虚假的一面掩盖了他真实的一面，长期处与伪装状态中难免会有这些反映的。（也难怪，整个游戏Snake都要穿迷彩伪装自己）。
Eva来电告诉他，看守他的警卫特别贪吃 ，如果Snake肯省点粮食分给他，或许会获得他的好感，另外据说那人对美国囚犯有特殊的好感。
Snake分给看守一些食物，于是看守士兵和他闲聊了起来，并说他冷战以前他就住在美国，在那里他还有妻子，孩子（这里有个有趣的设定是他的孩子长大后正好看守solid snake！），最后Snake从他给的照片上看到了开启门的电台频率。在用迷雾剂喷晕了看守后，成功的越狱了
遵照Eva的指示，Snake来到了紧急出口，这时Eva紧急来电告之Volgen已经发现他越狱，所以封锁了他们预先设计好的紧急逃跑出口！但是没办法，后面追兵马上就要到来，Snake只有硬着头皮向前冲，到了尽头，下面是瀑布无路可走，OCELOT已带兵赶到，Snake跳下了瀑布。
朦胧中，Snake遇见了眼镜蛇部队最后一人--The sorrow，The sorrow拥有奇异的力量，可以可死去的亡魂对话，进而召唤亡灵对Snake 进行攻击。在Snake 不知如何应付这个刀枪不入的家伙的时候，在"黄泉路"的尽头，Tom上校紧急来电告之，在死后使用苏生剂就可以醒过来
Snake在岸边终于醒了，Mr.Sigint 来电告诉Snake，根据他查的资料，原来The sorrow2年前就死了，他生前和The boss是特别亲密的关系，但是自从冷战后，美国和苏联成了敌人，他们在战场上遭遇了，为了完成任务，有一个必须得死，于是The sorrow把自己的生命交给了The boss，从此他的亡魂永远围绕着The boss 而不散。
Eva来电告诉Snake向前走，在瀑布的山洞前和他汇合。Snake到达山洞，见到了Eva，此时的Eva显得格外的诱人，但是Snake仍然不为之所动。Snake答应这次任务完成后请她吃午饭，Eva提议吃日本的生鱼片，Snake不理解，觉得生鱼只有象他这样野外生存的人才会去吃。Eva告诉他那是日本一种流行的料理，和他吃的不同。
接着两人开始商定破坏整个Volgen军事研究基地的计划，Snake负责在停放SHAGOHOD的仓库里安放C3炸弹，EVa负责逃跑路线，并在逃跑必经的桥上也安放炸弹，过桥后以切断追兵的路线。
Snake成功的潜回军事研究基地，但当他安完炸弹以后Volgen带着被俘的Eva出现了。Volgen终于什么都知道了，他狠狠的用电折磨晕Eva后，考虑再三终于把"哲人计划"的晶片交给The boss叫她好好保管。剩下的就是要收拾Snake了，The boss同时带走了Eva，说她由她来处理这个女人。在拎起Eva的同时她小声的告诉Eva，剩下的一切由她来处理。
OCELOT想亲手开枪杀掉Snake，被Volgen阻止，表示叫他好好看着，由他本人亲自来，终于一场大战开始了。OCELOT最后向Snake作出了一个手势----CQC。
Volgen壮实如牛，刀枪不入，但Snake的CQC偏偏是他的克星，几个回合下来，在OCELOT的赞叹声中，Volgen终于倒下了。
整个基地都要爆炸，Eva驾驶摩托车来接Snake，正当二人逃出的时候，孤注一掷的Volgen驾驶着SHAGOHOD疯狂的赶来了。Eva和Snake躲过追兵，逃过桥后，炸毁桥梁也没有阻挡SHAGOHOD的前进，看来只有亲自上阵解决它了。
一场大战开始了，Eva驾驶摩托在前面做诱饵，吸引SHAGOHOD的注意力，Snake在一旁成功的用火箭弹摧毁了这个家伙，最后Volgen在一阵咆哮声中被天雷劈中身亡。
追兵仍然没有完，二人继续驾驶摩托逃离，在湖边他们预先停放了一家水上飞机，那时他们最后逃离的工具。而且Eva告诉Snake，The boss在湖边等着他。
由于摩托漏油，最后他们撞上了一截树干，而从坡上摔了下来。Snake没多大的事，但他发现Eva却不能动了，原来她跌下的时候被一截尖锐的树枝贯穿了肋部。Eva叫Snake别管她，自己赶快走。Snake坚决不肯，要求带她一起走，因为他需要她。听到了这句话，作为间谍处处被人轻贱的Eva感到了几分感动，紧接着Snake说没有Eva不行，因为他自己不会开那个水上飞机Wig。原来是这样，Eva苦笑了几声，但是也认可了这样的理由，忍痛拔出了树刺，跟着Snake一起前进。
两人躲过敌人的追捕，来到湖边，Eva去启动飞机，而Snake去要面对自己无法避免的一战。完成他任务的最后一个部分---杀死the boss。
在漫山的山花中，The boss静静的伫立在那里，告诉Snake她等这一天很久了，她最终的愿望就是希望这个世界结束冷战的局面，重新成为一个整体。她曾经也渴望在战争中展示自己，但是最终她认识到因为战争的残酷，因为可能会使得你最亲密的人成为你的敌人，而你却不得不接受。由于美国和苏联的对立，她曾经不得不在战场上杀死她的爱人The sorrow 。而她曾经和The sorrow生育的一个孩子，刚出生就被"哲人组织"给带走了，现在她已经没有了生育能力。只有身上这条象蛇一样的芭痕还记录着当时的痛楚。至于她为什么选择Snake作为她传授一切技术的对象，是因为她发现他们的很多相同点，而他们的结局注定要相同的，那就是两个人都不可能有未来。The boss的称号只能有一个，失败的人必须得死，而活着的人就得接着遭受将来无数战争的磨难。
Snake终于打败了The boss，抠动了扳机。射死了她。整个山野的白花都被染成了红色。
Snake和Eva终于顺利起分，但是OCELOT阴魂不散的再次缠了上来，驾驶单人飞行器，撞破飞机的仓门跳了近来，两人展开一阵肉搏战后，两人决定用Russianshow来决出自己的命运，Snake再次运气胜出，但是他却没有抠动一起扳机，连OCELOT也不禁有所感悟了，跳下飞机，并说以后还会再想逢的。
这时Mig进入了KGB军队的领空，正当几架战斗机准备打下他们飞机的危机时刻，Khruschevz最高指示命令他们仅仅返航，他们终于逃过了一劫。经过了数次生死患难，Snake也终于开始对Eva产生了好感。
再经过两人激情的一夜后，第二天snake发现Eva不知何时已经走了。只留下了一盘留声带。Eva留言告诉Snake，其实她并不是真正的EVA，真正的Eva和ADAM都是男的，她从一开始就冒充了Eva，而假装成KGB的间谍，潜入了GRU，所有的人都被她骗了，其实她的真实身份是来自中国的特工，除了美国，苏联，其中中国也早就对"哲人计划"虎视耽耽了，没错，她本人就是"哲人"之一，曾在美国军事机构里受训，而在那里，恰巧The boss是她的教官，因此她成功了骗了所有人，但是骗不过The boss。The boss一开始就什么都知道了，她最初叛变也是美国高层的指示，因为只有她那样的重量级人物投靠对方，才能迎取对方的充分信任，那正是她开头所提到最高机密的任务。而事情变化得很快，那次核爆炸后美国为了证明自己的清白，不得不舍弃她，为了效忠自己的国家，她也只能接受自己必须得死这个事实。她什么也没有埋怨，因为这就是任务，军人就应该为任务而效忠至死。为了不妨碍你完成任务，她是绝对不可能当面告诉这一切真相的，她只是希望你能知道幕后的这一切，所以她最后救下了我，通过我来传达给了你。本来我的任务是把"哲人计划"晶片到手后，杀死一切知情人的，但我没有杀你，不是因为我爱你，也不是因为你曾经救过我，而是我答应过the boss的一个诺言，我必须遵守它。
Snake回到了美国，由于出色的完成了任务，被美国总统授于"big boss"称号。他麻木地望着纷纷前来道贺的众人。镁光灯在四处闪耀。
墓园里，Snake手持鲜花与the boss生前的武器来到了The boss的幕前，Eva那最后几句话还停留在他耳边----"Snake，the boss为了效忠自己的祖国不惜背上叛国的罪名而遭人唾骂，历史书永远也不会知道这一切的真相，而她选择了默默的承受唯一的希望就是希望在你的记忆中，她并不是作为一个传授你技术的战士，而是作为一个女人
她才是无愧的英雄，是一个真正的"爱国者"-----Snake庄严的敬上一个军礼，潸然泪下。
几年后，赫鲁晓夫政权倒台。而中国则核实验成功
再过了几年，Eva音讯全无，没有人知道她的下落。而The boss则组建了foxhound部队。
最后是一通神秘的电话，是ADAM特工同美国总统之间的通话。
原来Eva拿走晶片不过是个半成品，而真正的则在他那里。并且他还收集了SHAGOHOD的战斗资料，并说他偶然看过了Glanin设计的草图资料，那个双足战车的创意很不错，将来可以好好派上用场，现在除了总统先生，没有人知道他才是真正一直躲在幕后的ADAM了
听他的声音，再结合最后Snake的那一场肉博战，对手报出自己的姓名前四个英文字母，原来ADAM就是OCELOT！
全文完。