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神秘组织N.E.S.T.S.经过《拳皇99》的失败后,就像人间蒸发般,完全断绝了关于他们的消息……时间流逝,距离上次大会快将一年,这时候世界各地突然发生各种恐怖活动!究竟是什么组织策划?明察暗访,以希顿上校为首的军队终于调查到,一连串的恐怖活动,是由K’和Maxima两人所引起的……?!
在希顿上校准备前往追查两人的同时,新一届《拳皇大赛》亦将开始……世界各地纷纷热闹起来,各地的格斗家们也为这个大会而雀跃!但叫人惊讶的是……在招待选手中,竟然存在K’和Maxima所组成的队伍?!究竟怎么一回事呢?为什么他们也会参加?
至于沉默了接近一年的N.E.S.T.S.组织,亦“巧合”在这时候发动第二阶段计划?!是“偶然”还是“预谋”?!一切的谜题,都只是为大家带来一个讯息:新一届“THE KING OF FIGHTERS”即将开幕!