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神秘组织N.E.S.T.S.经过《拳皇99》的失败后，就像人间蒸发般，完全断绝了关于他们的消息……时间流逝，距离上次大会快将一年，这时候世界各地突然发生各种恐怖活动！究竟是什么组织策划？明察暗访，以希顿上校为首的军队终于调查到，一连串的恐怖活动，是由K’和Maxima两人所引起的……？！

在希顿上校准备前往追查两人的同时，新一届《拳皇大赛》亦将开始……世界各地纷纷热闹起来，各地的格斗家们也为这个大会而雀跃！但叫人惊讶的是……在招待选手中，竟然存在K’和Maxima所组成的队伍？！究竟怎么一回事呢？为什么他们也会参加？

至于沉默了接近一年的N.E.S.T.S.组织，亦“巧合”在这时候发动第二阶段计划？！是“偶然”还是“预谋”？！一切的谜题，都只是为大家带来一个讯息：新一届“THE KING OF FIGHTERS”即将开幕！